Genómica: conocimiento

Asesoría genética: los programas de evaluación genómica ilustran un número asombroso de variantes patógenas desconocidas

Anna Duemler
August 26, 2020


La capacidad de analizar sus propios genes parece algo del futuro lejano, pero se está volviendo cada vez más accesible. A menudo, esta información se utiliza para determinar predisposiciones genéticas a las enfermedades. Si bien esto es útil, también es complejo, ya que aún queda mucho por descubrir. Los profesionales de la asesoría genética están capacitados en biología de la genética, y cada vez más en genómica, así como en asesoría1. El propósito principal de los asesores genéticos es garantizar que el paciente tenga el conocimiento y la información suficientes para tomar una decisión informada sobre su salud. En un entorno clínico típico, los pacientes que presentan una condición genética hereditaria se remiten a un asesor genético. La carga psicológica de tener una variante genética puede afectar profundamente a los pacientes. Los asesores genéticos trabajan para apoyar la salud mental de los pacientes y abogar por su plan de tratamiento óptimo. Sin embargo, la genómica plantea muchos desafíos con los que los profesionales de la salud continúan luchando, incluso los asesores genéticos. Algunos de estos desafíos incluyen falta de diversidad en las poblaciones probadas, acceso a pruebas y divulgación, implicaciones de los hallazgos secundarios, interpretación de variantes y otros. Desafortunadamente, aunque una gran cantidad de profesionales de la atención médica valoran a los asesores genéticos, todavía hay muchas personas que desconocen sus variantes genéticas dentro de la población.

“Los asesores genéticos trabajan para apoyar la salud mental de los pacientes y abogar por su plan de tratamiento óptimo”.

Un estudio reciente de Buchanan et al. destaca estas variantes desconocidas y la función de los asesores genéticos cuando se encuentran. Investigaron los resultados del proyecto MyCode de Geisinger en el que los participantes se sometieron a una secuenciación del exoma seguida de una evaluación de variantes genéticas procesables2. Este fue un estudio observacional de los registros médicos electrónicos de personas con una variante genética que tienen evidencia de asociación significativa con la enfermedad (hallazgo genético de nivel I) divulgado entre mayo de 2015 y febrero de 2018. Los hallazgos genéticos se clasifican en un sistema de cuatro niveles asociados con la base de evidencia de su importancia clínica. Un hallazgo genético de nivel I indica que la variante genética tiene evidencia de asociación significativa con la enfermedad3. Si bien este estudio se centra en las variantes de nivel I, todos los niveles dentro del sistema se muestran en la tabla 1.

Tabla 1. Importancia clínica y evidencia de los diferentes niveles de variantes genéticas3

 

Nivel de la variante genética

Importancia

Evidencia

I

Gran importancia clínica

- Terapias aprobadas por la Administración de Medicamentos y Alimentos (Food and Drug Administration, FDA).
- Estudios sólidos con consenso de expertos.

II

Posible importancia clínica

- Terapias en investigación aprobadas por la FDA.
- Terapias para diferentes tipos de tumores.
- Ensayos preclínicos o informes de casos asociados.

III

Importancia desconocida

- No se observa a frecuencias significativas en bases de datos.
- No hay evidencia en la literatura publicada de asociación con la enfermedad.

IV

Importancia conocida

- Se observa con una frecuencia significativa en bases de datos.
- No hay evidencia publicada de asociación conocida con la enfermedad.

 

El estudio analizó genes relacionados con tres condiciones genéticas de nivel I que tienen intervenciones que reducen la mortalidad y morbilidad2. Las condiciones exploradas incluyeron síndrome de cáncer de seno y ovario hereditario (hereditary breast and ovarian cancer, HBOC), síndrome de Lynch e hipercolesterolemia familiar (familial hypercholesterolemia, FH). Existen varios genes que contribuyen a estas condiciones. Si estos genes tienen una variante que causa directamente la enfermedad o riesgo de sufrir la enfermedad, la variante se clasifica como patógena. Por ejemplo, HBOC BRCA1 y BRCA2 son los dos genes principales implicados en el riesgo de sufrir cáncer de seno, ovario y otros (tabla 2). Esta relación entre las variantes patógenas o probablemente patógenas y la enfermedad también se ilustra en las otras condiciones. La tabla 2 muestra cómo aumenta el riesgo con una variante genética patógena o probablemente patógena, en comparación con el riesgo en la población general. Un total de 351 personas en este estudio tuvieron un resultado patógeno o probablemente patógeno. De estas personas, un asombroso 87 % desconocía su resultado genético y su mayor riesgo, antes del proyecto MyCode. Además, el 65 % de estas personas ya tenían registros médicos electrónicos que documentaban los antecedentes familiares y las condiciones médicas anteriores asociadas con su hallazgo genético. Una vez que se dieron a conocer los resultados, hubo un aumento significativo en la gestión de riesgos2. Además, la divulgación por parte de un asesor genético aumentó significativamente el cumplimiento del paciente con la gestión de riesgos recomendada4. Por ejemplo, el 28 % de las personas con una variante de FH tenían un diagnóstico clínico que necesitaba tratamiento después de la divulgación de los resultados. Los asesores genéticos revisan minuciosamente los resultados genéticos con el paciente, abogan por la gestión de riesgos, brindan apoyo y también fomentan la comunicación en toda la familia.

 

Tabla 2. Riesgos y genes asociados al síndrome de cáncer de seno y ovario hereditario5, 6, síndrome de Lynch7, 8 e hipercolesterolemia familiar9, 10.

Síndrome

Genes asociados

Riesgo

Riesgo en la población general

Riesgo con variante patógena

Gestión médica

Síndrome de cáncer de seno y ovario hereditario

BRCA1, BRCA2

Cánceres de seno, ovarios, próstata y páncreas

Seno: 12%

Riesgo de cáncer de seno:

BRCA1: 46-87%

BRCA2: 38-84%

-Exámenes de senos a partir de los 25 años
-IRM anual de seno(25-29)
-Mamografías anuales(30-75)
-Mastectomía para la reducción de riesgos

Síndrome de Lynch

MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM

Cánceres de colon, recto, estómago, intestino delgado, cerebro, piel, ovarios y útero

Cáncer colorrectal: 5.5 %

Riesgo de cáncer colorrectal: 52-82%

-Colonoscopias a partir de los 20-25 años
-Las colonoscopias comienzan 2-5 años antes de la aparición del cáncer de colon familiar más temprano

Hipercolesterolemia familiar

APOB, LDLR, LDLRAP1, PCSK9

Niveles altos de colesterol, enfermedad de las arterias coronarias

Enfermedad de las arterias coronarias: 6.7%

Riesgo de enfermedad de las arterias coronarias:

20-22 veces mayor riesgo sin tratamiento

-Los niños con FH deben hacerse un control de lípidos antes de los 10 años
-Evitar el hábito de fumar, la obesidad y el sedentarismo

 

La asesoría genética no solo fomenta la comunicación familiar necesaria, sino que también la facilita. Los asesores genéticos pueden identificar quién está en riesgo, dónde los miembros de la familia pueden obtener servicios locales y discutir si es necesario comunicar esta información crucial y cómo hacerlo. Esto sucede de dos formas. Primero, los antecedentes familiares son un fuerte indicador de que una enfermedad es genéticamente hereditaria. En Buchanan et al. el 65 % de los participantes que no tenían conocimiento previo de su resultado genético tenían antecedentes familiares compatibles con su variante genética2. La asesoría genética tiene un énfasis fuerte en los antecedentes familiares, en la que en cada sesión se crea una genealogía familiar que incluye todas las condiciones médicas de la familia. A menudo, algunas condiciones médicas no se incluyen en los antecedentes familiares, ya que se limitan solo a lo que el paciente le comunica al proveedor. Segundo, la asesoría genética, además de las pruebas genéticas, podría ayudar a las familias a través de las pruebas en cascada, en las que el resto de la familia de una persona afectada por una variante de alto riesgo podría hacerse una evaluación y recibir la atención que necesita.

 

A veces, las personas no están interesadas en hacerse la prueba para saber si tienen una variante genética. Los asesores genéticos aún pueden ayudar a las personas a comprender sus riesgos y las implicaciones para la atención médica, incluso si no toman la decisión de hacerse la prueba. Las decisiones comunes asociadas con la gestión de riesgos son evaluación frecuente, comunicación de variantes al resto de la familia y cirugías de reducción del riesgo11. Si bien la evaluación individual es un buen punto de partida, es imperativo que se comprenda el riesgo familiar. Los asesores genéticos desempeñan una función vital para garantizar que los pacientes comprendan su estado genético y puedan comunicarlo de manera eficaz a los familiares en riesgo.

“Los asesores genéticos desempeñan una función vital para garantizar que los pacientes comprendan su estado genético y puedan comunicarlo de manera eficaz a los familiares en riesgo”.

El programa de evaluación genómica antes descrito tiene muchos beneficios. El aumento de la conciencia de la prevalencia de variantes en una gran cohorte es posiblemente el más importante. Sin embargo, un problema claro dentro de este estudio fue la falta de diversidad. El estudio mostró que el 99 % de las personas se identificaron como descendientes de europeos y no hispanos. De los 351 participantes, solo dos eran de color, uno afroamericano y el otro latino2. La falta de diversidad en la genética ha sido una disparidad durante años y debe abordarse para comprender completamente el genoma humano. Según un comentario reciente, el 78 % de los datos utilizados en los estudios de asociación del genoma completo provienen de personas de ascendencia europea, mientras que solo representan el 16 % de la población mundial12. La comprensión de la genética humana y el aumento del riesgo deben volverse comunes en la atención médica. Los asesores genéticos podrían desempeñar una función principal al hacer que las pruebas genéticas sean más uniformes.

Un principio fundamental de la asesoría genética es la defensa del paciente. Hay muchas personas en el sistema de atención médica estándar que se ignoran cuando se trata de pruebas genéticas. Muchas sociedades médicas recomiendan que cualquier mujer con diagnóstico de cáncer de ovario se someta a pruebas genéticas, pero solo se realiza la prueba a alrededor del 30 % de las diagnosticadas13. Este desconcertante número de pacientes no evaluados plantea la pregunta de si puede ser más beneficioso explorar otras vías para garantizar las pruebas genéticas. El modelo tradicional de asesoría genética consiste en una consulta en persona entre el paciente y un asesor genético. Si bien esto es ciertamente efectivo, requiere la identificación de la necesidad de que un médico u otro proveedor de atención médica realice la remisión a un asesor genético.

Esto plantea la pregunta de si existen formas más efectivas de identificar variaciones genéticas e implementar la atención. Los asesores genéticos tienen el potencial de desempeñar una función esencial en el desarrollo de un sistema para identificar personas que necesitan pruebas genéticas. Un sistema dentro de cada institución con un asesor genético en una función directiva podría evaluar la prevalencia de las pruebas genéticas y la infraestructura general de los departamentos. Luego, el equipo podría ayudar a otros profesionales de la atención médica a identificar a las personas que tienen una enfermedad o antecedentes familiares que justifiquen la realización de pruebas genéticas. De esta manera, se incorpora un equipo de asesores genéticos en cada institución médica que educa a médicos y otros proveedores de atención médica sobre la elegibilidad para pruebas genéticas y asesoría. La implementación de un sistema con asesores genéticos tiene el potencial de ayudar con las disparidades al proporcionar evaluaciones, identificación y pruebas genéticas de manera equitativa.

Este programa de evaluación genómica aclara el asombroso número de variantes genéticas desconocidas clínicamente relevantes dentro de la población para las que existe una indicación establecida para pruebas genéticas. Buchanan observó que la disponibilidad de asesoría genética para los pacientes después de que se divulgaran los resultados tenía una relación significativa con el procedimiento de gestión de riesgos recomendado2. Los beneficios de la asesoría genética son abundantes y la demanda de asesores genéticos crece a diario. Proporcionar una función directiva a los asesores genéticos aseguraría que las instituciones puedan identificar adecuadamente los mecanismos óptimos para la recopilación e interpretación de los antecedentes familiares. En última instancia, este sistema identificaría qué poblaciones necesitan pruebas y asesoría genética. La implementación de este programa de asesoría genética puede reducir costos generales de atención médica14, morbilidad y mortalidad2 y garantizar que todas las personas tengan el mismo acceso a pruebas genéticas.

Referencias

1) Who are Genetic Counselors? National Society of Genetic Counselors. https://www.nsgc.org/page/whoaregeneticcounselors-473.

2) Buchanan, A. H., Kirchner, H. L., Schwartz, M. L. B., Kelly, M. A., Schmidlen, T., Jones, L. K., … Sturm, A. C. (2020). Clinical outcomes of a genomic screening program for actionable genetic conditions. Genetics in Medicine. https://doi.org/10.1038/s41436-020-0876-4

3) Li, M., Datto, M., Duncavage, E., Kulkarni, S., Lindeman, N., Roy, S., . . . Nikiforova, M. (2017, January). Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists. Retrieved August 12, 2020, from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5707196/

4) Pal, T., Lee, J., Besharat, A., Thompson, Z., Monteiro, A., Phelan, C., . . . Narod, S. (2013, March 21). Modes of delivery of genetic testing services and the uptake of cancer risk management strategies in BRCA1 and BRCA2 carriers. Retrieved August 13, 2020, from https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/cge.12130

5) Petrucelli, N. (2016, December 15). BRCA1- and BRCA2-Associated Hereditary Breast and Ovarian Cancer. GeneReviews® [Internet]. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1247/.

6) Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, and Pancreatic. National Comprehensive Cancer Network. (2019). Retrieved August 12, 2020, from https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/default.aspx

7) Kohlmann, W. (2018, April 12). Lynch Syndrome. Retrieved August 1, 2020, from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1211/

8) Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal. National Comprehensive Cancer Network. (2020, July 21). Retrieved August 13, 2020, from https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/default.aspx

9) Youngblom, E. (2016, December 08). Familial Hypercholesterolemia. Retrieved August 4, 2020, from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK174884/

10) Heart Disease Facts. (2020, June 22). Retrieved August 10, 2020, from https://www.cdc.gov/heartdisease/facts.htm

11) National Institutes of Health. Why is it important to know my family medical history? - Genetics Home Reference - NIH. U.S. National Library of Medicine. https://ghr.nlm.nih.gov/primer/inheritance/familyhistory.

12) Sirugo, G., Williams, S. M., & Tishkoff, S. A. (2019). The Missing Diversity in Human Genetic Studies. Cell, 177(4), 1080. https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.04.032

13) Konstantinopoulos, P. A., Lacchetti, C., & Annunziata, C. M. (2020). Germline and Somatic Tumor Testing in Epithelial Ovarian Cancer: ASCO Guideline Summary. JCO Oncology Practice. https://doi.org/10.1200/jop.19.00773

14) Haidle, J. (2017, August 10). Genetic Counselors Save Costs Across the Genetic Testing Spectrum. Retrieved August 11, 2020, from https://www.ajmc.com/view/genetic-counselors-save-costs-across-the-genetic-testing-spectrum

Acerca del autor

Anna Duemler

Anna Duemler está en el programa de capacitación de posgrado en los Institutos Nacionales de Salud. Recibió su licenciatura en Biología de la Universidad Estatal de Pensilvania en 2018. Planea postularse a los programas de asesoría genética en otoño.